Ninjutsu (Literalmente significa "Técnicas Ninjas") é um termo que refere-se a quase toda técnica e permite ao usuário fazer algo que ele seria capaz de fazer de outra maneira, incluindo o uso de armas. Diferente de genjutsu, que faz o oponente ver ilusões, os efeitos do ninjutsu são reais. Eles variam grandemente no propósito, com os ninjutsu mais simples sendo usados para tarefas como transformar o usuário ou permitindo-o desviar de ataques. Essas técnicas freqüentemente são a segunda natureza de shinobi experientes, que podem usá-las à vontade. Ninjutsu mais complexos manipulam o ambiente ou utilizam elementos, respectivamente servindo a tarefas como curar os outros ou manipular transformações da natureza.
Ninjutsu, na maioria do tempo, conta com chakra e selos de mão para ser eficiente. As mãos são postas em posições sequenciais que moldam e manipulam o chakra da maneira necessária para realizar uma técnica. Porém isso não é sempre preciso e algumas técnicas tornam-se a segunda natureza de ninjas experientes, que podem ser realizadas à vontade.
Além disso, existe o tipo de técnica que pode ser classificada como uma técnica elementar básica ou avançada, os tipos básicos são técnicas com elementos específicos (fogo, vento, trovão, terra ouágua), os tipos avançados combinam dois ou três elementos básicos e criam um novo.
