Essas técnicas são usadas frequentemente para criar imagens falsas ou causar dor de um trauma (porque o corpo é induzido a acreditar que isso é dor); porém, existem vários outros usos dependendo da situação. Elas não são usadas com tanta frequência como o ninjutsu por não ferirem fisicamente o oponente, mas várias personagens fizeram delas mesmas muito conhecidas por sua grande proeza com genjutsu, como Itachi Uchiha, Kurenai Yūhi, o Segundo Mizukage e Tayuya. Genjutsu também pode ser usado para manipular os outros, parecido com lavagem cerebral ao alimentar a vítima com sugestões elusivas, o exemplo principal sendo Tobi controlando Yagura. Porém, existe pelo menos um genjutsu, Izanagi, que tem os efeitos opostos de um genjutsu normal, mudando a realidade para ilusão e vice-versa.
Genjutsu é criado quando um shinobi estende seu fluxo do chakra pelo sistema nervoso cerebral de seu oponente para controlar sua mente, assim afetando seus cinco sentidos. Aqueles com habilidades especiais como o Sharingan do Clã Uchiha ou com inteligência alta possuem uma facilidade maior no tempo de execução e combate ao genjutsu, sendo a atenção a chave para isso. Aqueles sob influência do genjutsu aparecerão ou inconsciente ou ainda se movendo sob a pretensão do genjutsu, sendo que isso é muito eficiente na batalha já que o usuário do genjutsu pode fazer parecer que ele está em outro lugar e atacar a vítima por trás, ou mudar o ambiente para fazer a vítima ver uma planície onde há um precipício.
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