Chakra é essencial até mesmo para as técnicas mais básicas; ele é feito moldando a energia física shintai enerugī) presente em cada célula do corpo e a energia espiritual seishin enerugī) adquirida do exercício e a experiência. Assim que moldado, ele pode ser canalizado através do sistema circulatório de chakra, que para o chakra é o que o sistema circulatório é para o sangue, para qualquer um dos 361 pontos de chakra (chamados tenketsu) no corpo. Por meio de vários métodos, sendo o mais comum os selos de mão, o chakra pode ser manipulado para criar um efeito que não seria possível de outro jeito, como por exemplo andar sobre a água, exalar fogo ou criar ilusões.
Moldando diferentes taxas das duas energias, novos tipos de chakra podem ser formados. A maioria dos ninjas possuem uma afinidade natural a um tipo de chakra, mas eles têm a capacidade de criar chakra elementar além da sua própria afinidade. Existem cinco tipos básicos, cada um mais forte e mais fraco que o outro, mas suas forças, fraquezas e relações com cada um são todas exploradas. Também há o uso do Yin e Yang e o balanceamento das energias físicas e mentais. Além desses cinco elementos, certas kekkei genkai podem misturar chakra elementares para formar novas naturezas, como, por exemplo, é possível combinar água e vento em gelo. Enquanto muitos ninjas podem usar mais de um tipo de chakra, muitos poucos podem usá-los simultaneamente.
